24 well プレートに十分に増殖させた細胞から抽出する場合)
↓ Lysis . solution の調整(sample 数 X 1 ml)|
Lysis. Buffer
1 M Tris- HCl (pH 8) 2 ml
5 M NaCl 0.8 ml
0.5 M EDTA 1.6 ml
10 % SDS 4 ml
Milli Q-H2O up to 40 ml
↓50 ml tube にLysis. Buffer 40 ml 用意
↓Proteinase K ( 6 mg / ml ) を2 ml 加える
Proteinase K(6 mg / ml)
↓ PK Buffer を50 ml tubeに用意
1 M Tris-HCl(pH 8)1 ml
5 M NaCl 0.4 ml
0.5 M EDTA 0.8 ml
Milli-Q H2O up to 20 ml
↓ PK Buffer 16.7 ml
Prateinase K 100 mg
を混ぜ、1.5 ml tubeに1 mlずつ
分注し、37℃で30 min 処理
↓ -20 ℃にて保存
↓ 培地を除去する
↓ PBS (-) 500ul にて2回洗浄する
↓ 連続分注器で500ul (6 cm φ dish の場合は1 ml)のLysis soln を加え、
37 ℃で1~6hr インキュベーション (CO2 インキュベータ-内にて)
実験室にて
↓ 細胞溶解液を1 ml チップで吸い、1.5 ml チューブへ移す
(非常に粘性があるので先をカットしたチップに絡めながら吸い取る)
↓ Proteinase K ( 6 mg / ml ) を15ul加える ~ vortex
↓ 50 ℃ で2 hr ~ O / N 、インキュベーション ( DNase などのタンパクを分解)
↓ On ice にて冷やす
↓ RNase A ( 10 mg / ml ) を7.5ul 、およびLysis soln を242.5ul加える(計 750ul)
↓ 37 ℃で30 min ~ O/N 、インキュベーション
↓ フェノール/クロロホルムを750ul 加える ~ inversion 100 回以上(かなり強く)
↓ Cfg. 14000 rpm 、RT 、5~10 min
↓ 上清を回収(1 ml 先カットチップにて)~ 1.5 ml チューブへ移す
↓ 再度、フェノール/クロロホルムを 750ul加える
~ inversion ~ 遠心 ~ 上清を回収 ~ 1.5 ml チューブへ移す
↓ 等量(約 750ul)のイソプロパノールを加える ~ 緩やかにinversion 10 回以上
↓ ゲノムの塊が析出してきたら10ulチップで絡めとり、70 % EtOH 900ulに入れる
(この方法でRNAも8割くらい除くことができる)
↓ 塊として析出しなかった場合には Cfg. 14000 rpm 、4 ℃、5~10 min
↓ 上清を除去し、70 % EtOH を900ul 加える
↓ Cfg. 14000 rpm 、4 ℃、5 ~10 min
↓ Dry up (完全に乾かすとその後溶解しにくくなるので水滴がなくなる程度で)
↓ TE 30ulに溶解(ペレットの大きさにより調整)
~ 1ug /ulを予想して、それより少なめに加える
溶けにくい場合には50 ℃の恒温槽にて数時間あたためる
または、4 ℃、O/N でrotateして溶解する
↓ DNA の濃度測定(吸光光度計)~ 完全に溶解させてから測定すること
↓ 1ug /ulに調整
↓ 4 ℃にて保存 ~ 電気泳動チェック